В Великой Отечественной войне с 1942 г. Лейтенант, командир пулеметной роты. Участвовал в изгнании немецко-фашистских полчищ из Северной Осетии, в освобождении Чиколы, Нальчика, Пятигорска, Ессентуков, Кисловодска, Армавира.
В 1945 г. А.А. Макоев – майор, командир батальона. За умелое управление батальоном и личную отвагу при прорыве обороны противника на западном берегу реки Одер, а также за смелые действия при штурме Берлина и огромный урон, нанесенный врагу,  15 мая 1946 г. присвоено звание Героя Советского Союза.
После войны продолжал службу в армии. Награжден двумя орденами Ленина, орденами Красного Знамени, Александра Невского, Отечественной войны 1 ст., медалью «За оборону Кавказа» и др. В 1956 г. уволен в запас. Жил и работал во Владикавказе.
В 1981 г. Алихан Амурханович ушел из жизни, похоронен в Чиколе. На его могиле установлен бюст, одна из улиц носит имя героя, в г. Владикавказе на доме, где он жил – мемориальная доска. О нем сложена осетинская героическая песня: слова и музыка М. Гагкаева и В. Зангиева.
См.: Бетоева М.Д. Дорогами мужества. Кн. 1. С.196–198; Осетия и осетины. С. 549.